L’inventaire présenté ci-dessous n’est pas exhaustif et ne contient que les lignes d’intérêt général. Il est complété au fur et à mesure de la recherche et de l’étude des lignes oubliées. Les lignes répertoriées sont celles qui sont partiellement ou totalement fermées aux voyageurs, inexploitées, déposées ou déclassées. Pour effectuer une recherche, rendez-vous sur la page Rechercher une ligne oubliée.
| Ligne | Num. | Long. | Région(s) |
|---|---|---|---|
| Andelot – La Cluse | 878 000 | 116,4 | Bourgogne-Franche-Comté / Auvergne-Rhône-Alpes |
| Champagnole – Lons-le-Saunier | 879 000 | 44,3 | Bourgogne-Franche-Comté |
| Saint-Germain-du-Plain – Lons-le-Saunier | 881 000 | 49,6 | Bourgogne-Franche-Comté |
| Châlon-sur-Saône – Bourg-en-Bresse | 882 000 | 77,8 | Bourgogne-Franche-Comté / Auvergne-Rhône-Alpes |
| Lyon Croix-Rousse – Trévoux | 887 000 | 25,1 | Auvergne-Rhône-Alpes |
| Ambérieu – Montalieu-Vercieu | 889 000 | 17,6 | Auvergne-Rhône-Alpes |
| Fort-L'Ecluse-Collonges – Divonnes-les-Bains (frontière) | 891 000 | 41,3 | Auvergne-Rhône-Alpes |
| Longeray-Léaz – Le Bouveret | 892 000 | 89,6 | Auvergne-Rhône-Alpes |
| Annecy – Albertville | 898 000 | 45,4 | Auvergne-Rhône-Alpes |
| Pressins – Virieu-le-Grand | 904 000 | 47,0 | Auvergne-Rhône-Alpes |