L’inventaire présenté ci-dessous n’est pas exhaustif et ne contient que les lignes d’intérêt général. Il est complété au fur et à mesure de la recherche et de l’étude des lignes oubliées. Les lignes répertoriées sont celles qui sont partiellement ou totalement fermées aux voyageurs, inexploitées, déposées ou déclassées. Pour effectuer une recherche, rendez-vous sur la page Rechercher une ligne oubliée.
| Ligne | Num. | Long. | Région(s) |
|---|---|---|---|
| Voujeaucourt – Saint-Hippolyte | 859 000 | 27,1 | Bourgogne-Franche-Comté |
| Beaune – Saint-Loup-la-Salle | 864 000 | 10,2 | Bourgogne-Franche-Comté |
| Chagny – Dôle-Ville | 865 000 | 81,8 | Bourgogne-Franche-Comté |
| Seurre – Châlon-sur-Saône | 867 000 | 37,3 | Bourgogne-Franche-Comté |
| Chaugey – Lons-le-Saunier | 868 000 | 60,8 | Bourgogne-Franche-Comté |
| Dôle-Ville – Poligny | 869 000 | 39,7 | Bourgogne-Franche-Comté |
| Mouchard – Salins-les-Bains | 870 000 | 7,5 | Bourgogne-Franche-Comté |
| L'Hôpital-du-Groisbois – Lods | 873 000 | 26,2 | Bourgogne-Franche-Comté |
| Pontarlier – Gilley | 874 000 | 23,3 | Bourgogne-Franche-Comté |
| Pontarlier – Vallorbe | 876 000 | 26,1 | Bourgogne-Franche-Comté / Suisse |